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行政院長林全2日上午9時35分邀集相關部分，就雄三飛彈誤射一事進行檢討。會議一開就將近3個小時。會後，發言人童振源轉述時則唸完院長裁示後就下台，罕見地不接受媒體提問。
童振源表示，行政院長林全上午召集副院長林錫耀、秘書長陳美伶及相關部會研商7月1日飛彈誤射事件後續調查及檢討事宜。他轉述林全談話指出，法務部已於昨日責成高檢署組成專案小組，由高檢署檢察長擔任召集人，針對本次事件進行偵查。專案小組應進一步對各個環節的相關人證、物證進行全面調查，以釐清是否為誤射或其他軍紀問題，國防部亦應全力配合。
國民黨前立委蔡正元1日上午9時前就得知飛彈誤射事件，甚至比林全還早得知。林全裁示時，雖沒點出蔡正元名字，但卻要軍方查洩密一事。林全說，洩密事件已暴露國家安全受到嚴重威脅，除國防部應徹底檢討現行保防工作外，高檢署專案小組也應徹底調查、釐清犯罪事實，務必給國人一個交代。
林全表示，對於操作失誤之檢討，國防部應痛下決心、自我反省，針對作業程序、人員訓練與紀律、軍事安全等各面向全面調查，確實檢討人員責任歸屬。
林全表示，針對外界對此事件是否為誤射之各項質疑或誤解，若其中未涉及軍事機密部分，國防部應即時發佈澄清，並在國防部網站首頁公布，以釋外界疑慮。
林全表示，請國防部儘速主動與受害者家屬協議國家賠償相關事宜。
至於昨日國防部長馮世寬沒有露面，行政院也幫他說明，馮部長係奉林全院長指示，留守國防部坐鎮應變中心，指揮調度；馮部長也派參謀總長南下應變處置。林錫耀副院長、國防部李喜明副部長則奉院長指示南下了解狀況及慰問死者家屬與傷者。
